Ομάδα Γονιδιωματικής/Επιγενετικής Ανάλυσης και Μεταφραστικής Έρευνας

Genomics and Epigenomics Translational Research (GENeTres)

Η ομάδα αποτελείται από 20 μέλη ΔΕΠ από διαφορετικά τμήματα του ΑΠΘ, με ερευνητικά ενδιαφέροντα που άπτονται της Βιοχημείας, Γενετικής, Επιγενετικής, Μοριακής Βιολογίας, Πληθυσμιακής Γενετικής, Mικροβιολογίας, Ανοσοβιολογίας, Βιολογίας Συστημάτων, Ιατροδικαστικής κ.α.. Στην ομάδα συμμετέχουν και επιστημονικοί συνεργάτες  διαφόρων ειδικοτήτων (Βιοπληροφορική, Στατιστική κλπ).

Συνεργαζόμενα Τμήματα:

• Τμήμα Ιατρικής ΑΠΘ
• Τμήμα Βιολογίας ΑΠΘ
• Τμήμα Κτηνιατρικής ΑΠΘ
• Τμήμα Γεωπονίας ΑΠΘ

Η ομάδα ασχολείται με τα εξής ερευνητικά θέματα:

• Ταυτοποίηση γενετικών και επιγενετικών δεικών στον καρκίνο (BRIDGES, Εικόνα 2)
• Προσδιορισμός της επίπτωσης των επιγενετικών τροποποιήσεων (μεθυλίωσης) σε νευροεκφυλιστικές ασθένειες, μεταβολικά νοσήματα, γήρανση κ.α.
• Βιοπληροφορική διερεύνηση επιγενετικά ευαίσθητων περιοχών κατά τη γήρανση
• Ανάπτυξη βιοπληροφορικών εργαλείων
• Γενετικές ταυτοποιήσεις σε τρόφιμα
• Ανάπτυξη εργαλείων ιχνηλάτησης των γενετικών επιπτώσεων καλλιεργούμενων ψαριών
• Ανίχνευση και ταυτοποίηση μικροοργανισμών και θαλασσίων τοξικών μικροφυκών
• Ταυτοποίηση κλώνων και ποικιλιών (DNA fingerprinting)
• Έλεγχος βιοποικιλότητας σε περιβαλλοντικά δείγματα με χρήση NGS τεχνικών

Οι δράσεις της ομάδας GENeTres στοχεύουν στην εφαρμογή τεχνολογιών αιχμής που θα οδηγήσουν σε μια πληθώρα εφαρμογών, όπως:

• Πλήρη αλληλούχιση γονιδιώματος (whole genome sequencing): Τεχνολογία που οδηγεί στον προσδιορισμό της αλληλουχίας ολόκληρου του γονιδιώματος ενός ατόμου ή ενός οργανισμού ή μεμονωμένων κυττάρων
• Γενοτύπιση πολυμορφισμού μονού νουκλεοτιδίου (SNP genotyping) μεγάλης κλίμακας. Η μεθοδολογία αυτή προσδιορίζει την ποικιλομορφία σε νουκλεοτιδικές αλληλουχίες
• Επιγενετική (Epigenetics). Η τεχνολογία αυτή επιτρέπει την μελέτη αλλαγών σε επίπεδο γονιδιακής έκφρασης που δεν σχετίζεται με αλλαγές σε επίπεδο νουκλεοτιδικής αλληλουχίας γονιδιώματος/μεταγραφώματος. Στο πλαίσιο αυτό περιλαμβάνεται και ο έλεγχος της τροποποίησης ιστονών
• Ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης και προτυποποίηση μεταγραφώματος. Ανάλυση των γονιδίων που εκφάζονται και των μετάγραφων (mRNA, miRNA, lncRNA κλπ) που υπάρχουν σε ένα βιολογικό δείγμα (ιστός, κύτταρο, κλπ)
• Πατρότητα/συγγένεια. Ανάπτυξη νέων μεθόδων (επιγενετική προσέγγιση) για τη παραπέρα βελτίωση της αξιοπιστίας προσδιορισμού της γενετικής αποτύπωσης ατόμων
• Εργαστήριο λειτουργικής πρωτεϊνωματικής ανάλυσης και βιολογίας συστημάτων (υπό ένταξη). Μονάδα επεξεργασίας δείγματος, μονάδα φασματομετρίας μάζας και βιοπληροφορικής ανάλυσης
• Δυνητικοί χρήστες της παροχής υπηρεσιών θα είναι όλα τα εργαστήρια/κλινικές του ΑΠΘ, αλλά και ογκολογικές κλινικές νοσoκομείων (Θεαγένειο Νοσοκομείο), Ινστιτούτο Κτηνιατρικών Ερευνών, Εταιρίες παροχής γενετικών και διαγνωστικών υπηρεσιών κ.α.

Άτομο επικοινωνίας : Γεώργιος Τμημαγιώργης, Καθηγητής (Συντονιστής)
Τηλέφωνο : +30 2310 999122
Email : tzimagio@auth.gr