Σύμφωνα με τη Μελέτη Σκοπιμότητας του Κέντρου Διεπιστημονικής Έρευνας και Καινοτομίας, αυτό απαρτίζεται από επτά Εργαστήρια Έρευνας Διεπιστημονικού Χαρακτήρα, στους παρακάτω θεματικούς τομείς:

• Υγεία, τρόφιμα, γεωργία και βιοτεχνολογία
• Τεχνολογίες πληροφορικής και επικοινωνιών
• Βιώσιμη χωρική ανάπτυξη
• Βιώσιμη διαχείριση φυσικών πόρων και οικοσυστημάτων
• Σύγχρονες επιστημονικές, τεχνολογικές και παραγωγικές διαδικασίες
• Κοινωνικές, οικονομικές και πολιτικές επιστήμες
• Ανθρωπιστικές επιστήμες και πολιτιστική κληρονομιά

Η προβλεπόμενη από τον Εσωτερικό Κανονισμό Λειτουργίας διοικητική διάρθρωση του ΚΕΔΕΚ στην πλήρη λειτουργία του, εμφανίζεται στο παρακάτω οργανόγραμμα