Σε όλα τα ερευνητικά έργα είναι σύνηθες να προβλέπεται στον προϋπολογισμό τους κονδύλιο για γραμματειακή υποστήριξη. Έτσι, η γραμματειακή υποστήριξη παραμένει εσωτερικό θέμα του κάθε προγράμματος. Η Διοικητική Γραμματεία του ΚΕΔΕΚ έχει αρμοδιότητες που περιλαμβάνουν τη γραμματειακή υποστήριξη του Διευθυντή, του Επιστημονικού Συμβουλίου και των Επιστημονικών Τομέων καθώς και το συντονισμό και έλεγχο των διοικητικών λειτουργιών του ΚΕΔΕΚ.