Κατά τη φάση της πλήρους λειτουργίας του ΚΕΔΕΚ θα επιδιωχθεί η πιστοποίηση των διοικητικών λειτουργιών του αλλά και η πιστοποίηση των εργαστηρίων που θα λειτουργούν σε αυτό.